琵琶湖博物館について：琵琶湖文化館水族部門からの継承
琵琶湖博物館の水族部門には、平成８年(1996年)３月限りで閉鎖された琵琶湖文化館水族部門の発展的継承という性格もあります。
昭和36年（1961年）に設立された琵琶湖文化館は、 歴史博物館部門と淡水水族館部門からなり、設立以来、その水族部門は淡水専門の水族館として世界的にも有数の伝統と技術を誇るものとして、数多くの繁殖実績や研究実績を遺してきました。しかし、活動の進展に伴って施設が手狭となり老巧化も目立ってきたところへ琵琶湖博物館の構想が持ち上がりました。そこで、琵琶湖文化館の水族部門を閉鎖し、それらは琵琶湖博物館へ継承されることになったのです。
琵琶湖博物館に水族部門が併設されることは、琵琶湖博物館の設立構想があがった昭和50年（1975年）頃から構想されていました。琵琶湖博物館（仮称）基本構想検討委員会が組織された後の報告書（琵琶湖博物館基本構想）には、新設博物館に淡水水族館を展示の1部門として併設することが明記されています。
琵琶湖文化館の水族部門は、閉鎖時点で 155種 3,917点を飼育していましたが、その全てが琵琶湖博物館水族部門に移管されました。琵琶湖博物館の水族部門としては、新たな資料も加えて 244種 32,413点でスタートしました。また、琵琶湖文化館の水族担当学芸職員も琵琶湖博物館へ全員移籍しました。
琵琶湖文化館当時と、移管後の琵琶湖博物館の水族展示には大きな違いがあります。前者ではいわゆる分類展示で、魚類は種類毎に汽車窓式水槽（多くは1トン水槽）で展示されてましたが、琵琶湖博物館では、魚の種類の展示に重点がおかれるのではなく、環境との関わりに置いて展示されています。そうした展示の当然の成り行きとして、ここの水槽は大型化（例えばトンネル水槽では約400トン）しています。さらに、琵琶湖博物館では、琵琶湖の魚類との対照として外国の湖（洞庭湖、タンガニイカ湖、五大湖、トンレサップ湖）の魚類展示や国内で少なくなった魚類の展示、ならびに保護増殖センターなどを備えているのが大きな特徴となっています。
水族部門が琵琶湖博物館へ移管された琵琶湖文化館は、仏教美術を中心とする近江の文化財を専門に扱う博物館として活動を続けています。（平成20年(2008年）4月から、展示公開を休止しています。詳しくは、琵琶湖文化館のページをご覧ください。）